Dna Yapisi DNA’n\u0131n monomerik bile\u015fenleri A, T, C, G bazlar\u0131n\u0131 i\u00e7eren d\u00f6rt tane deoksiribon\u00fckleotiddir. Bu 4 ana baz\u0131n d\u0131\u015f\u0131nda baz\u0131 DNA’larda de\u011fi\u015fikli\u011fe u\u011fram\u0131\u015f birka\u00e7 farkl\u0131 baz da bulunabilir. Bunlar; metillenmi\u015f bazlar, s\u00fclf\u00fcr i\u00e7eren bazlar ve anormal bir baz \u2013 \u015feker ba\u011f\u0131 olu\u015fturan bazlard\u0131r. Bunlar DNA’da kimyasal de\u011fi\u015fikli\u011fe neden olabilir. DNA’da metil grubunun eklenmesi en yo\u011fun \u015fekilde sitozinlerde meydana gelir. Sitozinin 5\u00b4 numaral\u0131 karbonuna bir metil grubunun ba\u011flanmas\u0131yla 5 \u2013 metilsitozin meydana gelir. 5 \u2013 metilsitozin \u00f6zellikle bu\u011fday tohumu DNA’s\u0131nda bol miktarda bulunur (tablo \u2013 1). Bununla birlikte T2, T4 ve T6 fajlar\u0131nda 5 \u2013 hidroksi \u2013 metilsitozin tamamen sitozinin yerini alm\u0131\u015f durumdad\u0131r. Ayr\u0131ca ilgin\u00e7 bir \u00f6rnekte PBS 1 bakteriyofaj\u0131nda g\u00f6r\u00fcl\u00fcr. Bilindi\u011fi gibi urasil baz\u0131 sadece RNA molek\u00fcl\u00fcnde bulunur. Fakat bu bakteriyofajda timin bazlar\u0131n\u0131n yerini urasil bazlar\u0131 alm\u0131\u015ft\u0131r.<\/p>\n
Adenin ve guanin bazlar\u0131 \u00e7ift halkal\u0131 yap\u0131dad\u0131r. Bu iki baza p\u00fcrin bazlar\u0131 denir. Sitozin ve timin bazlar\u0131 ise tek halkal\u0131 yap\u0131dad\u0131r. Bunlara ise pirimidin bazlar\u0131 denir. Dolay\u0131s\u0131yla adenin ve guanin bazlar\u0131n\u0131n molek\u00fcler a\u011f\u0131rl\u0131klar\u0131 (A=135.13 dalton, G=151.13 dalton), sitozin ve timin bazlar\u0131n\u0131n molek\u00fcler a\u011f\u0131rl\u0131klar\u0131ndan (C=111.10 dalton, T=126.12) daha fazlad\u0131r. E\u011fer bir DNA molek\u00fcl\u00fcnde iki iplik\u00e7ikten hangisi A ve G ce zengin ise bu zincire a\u011f\u0131r zincir di\u011ferine ise hafif zincir denir.<\/p>\n
Gerek p\u00fcrin gerekse pirimidin bazlar\u0131 birka\u00e7 tane \u00e7ift ba\u011f i\u00e7erirler. \u00c7ift ba\u011flar her zaman tek ba\u011flara g\u00f6re daha karars\u0131z olduklar\u0131ndan, \u00e7ifte ba\u011f ta\u015f\u0131yan molek\u00fcller, H atomlar\u0131n\u0131n belli bir serbestli\u011fe sahip olabilmesi i\u00e7in, farkl\u0131 kimyasal bi\u00e7imlerde bulunabilme \u00f6zelli\u011fine yetene\u011fine sahiptir. Bir H atomu bir N halkas\u0131ndan veya O atomundan bir di\u011ferine hareket edebilir. \u00d6rne\u011fin bir amino (NH2) grubundan ayr\u0131larak bir imino (NH) grubu olu\u015fumuna yol a\u00e7abilir. B\u00f6yle kimyasal dalgalanmalara tautomerik de\u011fi\u015fim ve bu \u015fekilde meydana gelen farkl\u0131 molek\u00fcler yap\u0131lara da tautomer ad\u0131 verilir. Fizyolojik ko\u015fullarda, p\u00fcrin ve pirimidin halkalar\u0131na N atomlar\u0131 genellikle amino (NH2) bi\u00e7iminde, guanin ve timinin C atomlar\u0131na ba\u011fl\u0131 O atomlarda genellikle keto (CO) bi\u00e7imindedir. Bazlar\u0131n genelde belli taumerik bi\u00e7imlerde bulunmas\u0131 genetik materyalin kararl\u0131l\u0131\u011f\u0131 a\u00e7\u0131s\u0131ndan \u00f6nemlidir.<\/p>\n
Bazlar\u0131n Molar Oranlar\u0131
\n Bazlar\u0131n molar oranlar\u0131 hidroliziz ve kromatografi y\u00f6ntemleri ile belirlenebilir. Farkl\u0131 t\u00fcrler aras\u0131nda baz oranlar\u0131 b\u00fcy\u00fck de\u011fi\u015fiklikler g\u00f6stermesine ra\u011fmen, ayn\u0131 t\u00fcr\u00fcn farkl\u0131 organ ve dokular\u0131 aras\u0131nda benzer oranlara rastlanmaktad\u0131r (tablo \u2013 1).<\/p>\n
DNA kayna\u011f\u0131 A G C T 5-metil – C
\n Bo\u011fa timusu 28.2 21.5 21.2 27.8 1.3
\n Bo\u011fa dala\u011f\u0131 27.9 22.7 20.8 27.3 1.3
\n Bo\u011fa spermi 28.7 22.2 20.7 27.2 1.3
\n S\u0131\u00e7an kemik ili\u011fi 28.6 21.4 20.4 28.4 1.1
\n Bu\u011fday tohumu 27.3 22.7 16.8 27.1 6.0
\n Maya 31.3 18.7 17.1 32.9 –
\n E. coli 26.0 24.9 25.2 23.9 –
\n M. tuberculosis 15.1 34.9 35.4 14.6 –
\n \u00d8X 174 24.3 24.5 18.2 32.3 –<\/p>\n
Bir DNA molek\u00fcl\u00fcnde p\u00fcrinlerin toplam\u0131 pirimidinlerin topl—– e\u015fit oldu\u011fu gibi amino bazlar\u0131n toplam\u0131 da (A ve C) keto (okso) bazlar\u0131n (G ve T) topl—– e\u015fittir. A ve T e\u015fit molar miktarda bulunur. Dolay\u0131s\u0131yla G ve C de e\u015fit molar miktarda bulunur. Bu e\u015fitlikler DNA heliksinin formasyonu hakk\u0131nda en \u00f6nemli verilerdendir ve bu Chargaff’\u0131n kural\u0131 olarak ifade edilir. Bu kanunu A + G \/ T +C = 1 \u015feklinde de ifade edilir. Bununla birlikte G + C \/ A + T 1’e e\u015fit de\u011fildir. Bu oran \u00e7e\u015fitli t\u00fcrlerde \u00f6l\u00e7\u00fclm\u00fc\u015f ve de\u011ferlerin 0.45 ile 2.80 aras\u0131nda de\u011fi\u015fti\u011fi g\u00f6sterilmi\u015ftir. \u00d6rne\u011fin bir\u00e7ok bakteriyofajda bu oran 0.5 dir. Y\u00fcksek bitkilerde ve hayvanlarda bu oran\u0131n de\u011fi\u015fim s\u0131n\u0131rlar\u0131 daha dard\u0131r ve genel olarak 0.55 \u2013 0.93 aras\u0131nda bulunur.<\/p>\n
Chargaff kural\u0131n\u0131n iki \u00f6nemli istisnas\u0131 vard\u0131r. Birincisi bu\u011fday tohumu DNA’s\u0131nda G ve C e\u015fit miktarda de\u011fildir. \u00c7\u00fcnk\u00fc bu\u011fday tohumunda bol miktarda bulunan 5 \u2013 metilsitozin bir\u00e7ok sitozinin yerini al\u0131r. \u0130kinci istisna \u00d8X 174 DNA’s\u0131ndad\u0131r. Burada ne A T’ye ne de G C’ye e\u015fittir. \u00c7\u00fcnk\u00fc \u00d8X 174 DNA’s\u0131 tek iplik\u00e7iklidir.<\/p>\n
DNA baz miktarlar\u0131 a\u00e7\u0131s\u0131ndan iki gruba ayr\u0131l\u0131r. Bunlardan biri AT’ce zengin olanlar ve di\u011feri ise \u2013 ki bu daha az rastlanan tipidir \u2013 GC’ce zengin olanlard\u0131r.<\/p>\n
DNA’n\u0131n Primer Yap\u0131s\u0131
\n Bir baz ile deoksiribozun ba\u011flanmas\u0131 ile olu\u015fan k\u0131sma n\u00fckleozid denir. Baz ve pentoz molek\u00fcl\u00fc glikozidik ba\u011f ile birbirine ba\u011flan\u0131r. Glikozidik ba\u011f \u015fekerin 1\u00b4 karbon atomuyla p\u00fcrinin 9. pozisyonundaki (N9), pirimidinin ise 1. pozisyonundaki (N1) azot atomu aras\u0131nda meydana gelir. Bu yap\u0131ya fosfat (PO4) grubunun kat\u0131lmas\u0131yla olu\u015fan molek\u00fcl n\u00fckleotid ad\u0131n\u0131 al\u0131r. Ba\u015fka bir ifade ile bu n\u00fckleozid monofosfatt\u0131r. Fosfat grubunun ba\u011flanmas\u0131 pentozun 5\u00b4 karbonunun esterle\u015fmesiyle meydana gelir. DNA’n\u0131n yap\u0131ta\u015flar\u0131 i\u00e7in kullan\u0131lan terminoloji a\u015fa\u011f\u0131daki tabloda g\u00f6sterilmi\u015ftir.<\/p>\n
Baz N\u00fckleozid N\u00fckleotid N\u00fckleik asit
\n Adenin (A) Deoksiadenozin Deoksiadenilat (dAMP) DNA
\n Guanin Deoksiguanozin Deoksiguanilat (dGMP) DNA
\n Sitozin \u00a9 Deoksisitidin Deoksisitidilat (dCMP) DNA
\n Timin (T) Timidin Timidilat (dTMP) DNA<\/p>\n
Bir DNA molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn tek iplik\u00e7i\u011finin olu\u015fmas\u0131 deoksiribon\u00fckleotidlerin polimerizasyonu ile meydana gelir. RNA’da oldu\u011fu gibi DNA’da da n\u00fckleotidler aras\u0131 ba\u011flar fosfodiester ba\u011flar\u0131d\u0131r.<\/p>\n
Bilindi\u011fi gibi deoksiribozda 5 karbon atomu vard\u0131r. Bu karbon atomlar\u0131n\u0131n birincisine baz ba\u011flan\u0131r. \u00dc\u00e7\u00fcnc\u00fc ve be\u015finci karbon atomlar\u0131 hidroksil gruplar\u0131 ta\u015f\u0131r. Bu hidroksil gruplar\u0131 sayesinde fosfat grubu bu karbon atomlar\u0131na ba\u011flan\u0131r. Polimerizasyon reaksiyonunda kullan\u0131lan as\u0131l yap\u0131ta\u015flar\u0131 n\u00fckleozidtrifosfatt\u0131r (NTP). D\u00f6rt farkl\u0131 bazdan dolay\u0131 4 tip NTP (ATP, GTP, CTP, TTP) vard\u0131r. \u015eekil 4’de bir n\u00fckleotidin \u00fc\u00e7 farkl\u0131 yap\u0131s\u0131 (dAMP, dADP ve dATP) \u00f6rnek olarak g\u00f6sterilmi\u015ftir.<\/p>\n
Ad\u0131ndan da anla\u015f\u0131laca\u011f\u0131 gibi NTP’ler \u00fc\u00e7 fosfat grubu ta\u015f\u0131r. Bu fosfatlar i\u00e7ten d\u0131\u015fa do\u011fru \u03b1, \u03b2, \u03b3 olarak adland\u0131r\u0131l\u0131r. Bu \u00fc\u00e7 fosfat grubu deoksiribozun be\u015finci karbon atomuna ba\u011fl\u0131d\u0131r. Bir NTP molek\u00fcl\u00fc di\u011fer bir NTP molek\u00fcl\u00fc ile \u03b1 pozisyonundaki fosfat grubu ile fosfodiester ba\u011f\u0131 kurar. Bu ba\u011flanmada bir \u00f6nceki n\u00fckleotidin 3\u00b4 ucu g\u00f6rev al\u0131r. B\u00f6ylece zincir 5\u00b4 3\u00b4 y\u00f6n\u00fcnde ilerler. Kovalent ester ba\u011flar\u0131 olarak da bilinen bu ba\u011flar son derece kuvvetlidir. \u015eeker fosfat omurgas\u0131 5\u00b4 \u2013 3\u00b4 ba\u011flar\u0131 ile olu\u015ftu\u011fundan, bir polin\u00fckleotid zincirinin bir ucunda daima serbest 5\u00b4 \u2013 PO4 grubu ta\u015f\u0131yan bir n\u00fckleotid di\u011fer ucunda daima serbest 3\u00b4 \u2013 OH grubu ta\u015f\u0131yan bir n\u00fckleotid bulunur. Bu nedenle polin\u00fckleotid zincirlerde bir polarite vard\u0131r. Birbirine z\u0131t u\u00e7lar 5\u00b4 ve 3\u00b4 u\u00e7lar\u0131 olarak adland\u0131r\u0131l\u0131r. \u0130kinci ve d\u00f6rd\u00fcnc\u00fc pozisyondaki karbon atomlar\u0131 hidroksil grubu ta\u015f\u0131mazlar ve herhangi bir molek\u00fcl ba\u011flamazlar. \u0130kinci karbon pozisyonunda bir hidroksil grubunun varl\u0131\u011f\u0131 siklik fosfat formasyonunu imkans\u0131z hale getirir.<\/p>\n
Omurgadaki PO4 grubunun varl\u0131\u011f\u0131 polin\u00fckleotid zincirlerin asit \u00f6zellikte olmalar\u0131na yol a\u00e7ar ve n\u00fckleik asit terimi de bu \u00f6zellikten kaynaklan\u0131r. Bununla beraber, fizyolojik ko\u015fullarda n\u00fckleik asitler genellikle tuz halinde ve n\u00f6tr durumda bulunurlar.<\/p>\n
DNA polin\u00fckleotid zincirleri kimyasal veya enzimatik yolla hidrolitik olarak n\u00fckleotidlerine par\u00e7aland\u0131\u011f\u0131nda, k\u0131r\u0131lma fosfodiester ba\u011flar\u0131n\u0131n her iki taraf\u0131nda da meydana gelebilir. Buna g\u00f6re serbest kalan n\u00fckleotidler fosfat gruplar\u0131n\u0131 pentozun 5\u00b4 ve 3\u00b4 pozisyonuna ba\u011fl\u0131 olarak ta\u015f\u0131rlar. Buna g\u00f6re n\u00fckleik asit yap\u0131s\u0131ndan ayr\u0131lan n\u00fckleotidler n\u00fckleozid \u2013 3\u00b4 \u2013 monofosfat veya n\u00fckleozid \u2013 5\u00b4 \u2013 monofosfat olabilirler.<\/p>\n
DNA’n\u0131n Sekonder ve \u00c7ift Sarmal Yap\u0131s\u0131
\n 1953’de Watson ve Crick, DNA’n\u0131n bilinen \u00e7ift sarmal (double helix) modelini kurdular. Watson \u2013 Crick modeli, X \u2013 \u0131\u015f\u0131n\u0131 ile \u00e7al\u0131\u015fan kristallograflar\u0131n, organik kimyac\u0131lar\u0131n ve biyologlar\u0131n d\u00fc\u015f\u00fcnce ve \u00e7al\u0131\u015fmalar\u0131na dayan\u0131r. Bunlardan biri, Wilkins ve Franklin taraf\u0131ndan, izole edilmi\u015f DNA fibrillerinin X \u0131\u015f\u0131nlar\u0131n\u0131 k\u0131rma \u00f6zelliklerinin a\u00e7\u0131klanmas\u0131d\u0131r. Elde edilen X \u0131\u015f\u0131n\u0131 foto\u011fraflar\u0131, DNA’n\u0131n zincirlerindeki bazlar\u0131n dizili\u015f s\u0131ras\u0131na ba\u011fl\u0131 olmaks\u0131z\u0131n, \u00e7ok d\u00fczenli bi\u00e7imde d\u00f6n\u00fcmler yapan bir molek\u00fcl oldu\u011funu g\u00f6stermektedir. Ayn\u0131 zamanda, b\u00f6yle bir molek\u00fcl yap\u0131s\u0131n\u0131n birden fazla polin\u00fckleotid zincirin birbiri etraf\u0131nda d\u00f6n\u00fcmler yapmas\u0131yla meydana gelebilece\u011fine i\u015faret etmekte ve molek\u00fclde tekrarlanmalar yapan k\u0131s\u0131mlar aras\u0131ndaki uzakl\u0131klar hakk\u0131nda bilgi sa\u011flamaktad\u0131r.<\/p>\n
Watson \u2013 Crick probleme, \u201cDNA yap\u0131s\u0131, onun biyolojik g\u00f6revi ile ili\u015fkili olmal\u0131d\u0131r\u201d d\u00fc\u015f\u00fcncesiyle yakla\u015fm\u0131\u015flard\u0131r. Bu ili\u015fki teorinin anahtar\u0131 durumundad\u0131r. H\u00fccrenin makromolek\u00fcllerinin yap\u0131s\u0131n\u0131n biyolojik g\u00f6revle ili\u015fkili olmas\u0131, Watson \u2013 Crick teorisiyle \u00f6nemli \u015fekilde vurgulan\u0131r ve bu d\u00fc\u015f\u00fcnce molek\u00fcler biyolojinin temelini olu\u015fturur.<\/p>\n
Watson ve Crick’in sundu\u011fu modele g\u00f6re DNA \u00e7ift zicirli yap\u0131dad\u0131r. Bu \u00e7ift zincir iki tek zincirin bazlar\u0131 aras\u0131nda hidrojen ba\u011flar\u0131 olu\u015fmas\u0131yla meydana gelir. Bu iki polin\u00fckleotid zincir ortak bir eksen boyunca sa\u011fa d\u00f6n\u00fcml\u00fc bir heliks olu\u015fturur.<\/p>\n
\u0130ki polin\u00fckleotid zincir birbirine H ba\u011flar\u0131yla tutunur. Bu ba\u011flar, d\u00f6n\u00fcmler yapan DNA molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn stabilitesinin korunmas\u0131nda b\u00fcy\u00fck \u00f6l\u00e7\u00fcde yard\u0131mc\u0131 olurlar. Baz \u00e7iftleri \u00e7ift sarmal\u0131n termodinamik stabilitesine iki yolla kat\u0131l\u0131r. Bunlardan biri, bazlar aras\u0131nda H ba\u011f\u0131 olu\u015furken enerji a\u00e7\u0131\u011fa \u00e7\u0131kmas\u0131d\u0131r. Di\u011feri ise, sarmal boyunca \u00fcst \u00fcste dizilmi\u015f baz \u00e7iftlerinin elektron sistemleri aras\u0131ndaki etkile\u015fimler sonucu olu\u015fan hidrofobik baz dizili\u015flerinden enerji a\u00e7\u0131\u011fa \u00e7\u0131kmas\u0131d\u0131r. Bu etkile\u015fimler sarmal yap\u0131y\u0131 negatif y\u00fckl\u00fc fosfat gruplar\u0131 aras\u0131ndaki itici elektrostatik kuvvetler kar\u015f\u0131s\u0131nda dengeler.<\/p>\n
Guanin ile sitozin aras\u0131nda \u00fc\u00e7l\u00fc H ba\u011f\u0131 olu\u015furken, adenin ile timin aras\u0131nda ikili H ba\u011f\u0131 olu\u015fur (\u015fekil 7). Bu ba\u011flar\u0131n bazlar\u0131n hangi atomlar\u0131 aras\u0131nda olu\u015ftu\u011fu tablo 3’de g\u00f6sterilmi\u015ftir. G ile C aras\u0131nda \u00fc\u00e7l\u00fc, A ile T aras\u0131nda ise ikili H ba\u011f\u0131 olu\u015fmas\u0131n\u0131n sebebi bu bazlar\u0131n molek\u00fcler yap\u0131s\u0131ndan kaynaklanmaktad\u0131r. H ba\u011f\u0131 say\u0131s\u0131ndaki bu fark olas\u0131 yanl\u0131\u015f baz e\u015fle\u015fmelerinin yap\u0131lmas\u0131na engel olmaktad\u0131r.<\/p>\n
H ba\u011f\u0131 olu\u015fan atomlar Aradaki uzakl\u0131k (\u00c5)
\n T \u2013 A N3 \u2013 H…………..N1
\n O4…………..H \u2013 N6 2.835
\n 2.940
\n C \u2013 G O2…………..H \u2013 N2
\n N3…………..H \u2013 N1
\n N4 \u2013 H………….O6 2.86
\n 2.95
\n 2.91<\/p>\n
Bazlar aras\u0131nda H ba\u011flar\u0131 olu\u015fumunun \u00f6zg\u00fcll\u00fc\u011f\u00fc, iki polin\u00fckleotid zincirdeki fosfodiester ba\u011flar\u0131n\u0131n birbirine g\u00f6re ters y\u00f6nde olmas\u0131na yol a\u00e7ar. Bu nedenle iki polin\u00fckleotid zincir birbirine ters y\u00f6nde paraleldir. Yani iki zincir kimyasal yap\u0131 bak\u0131m\u0131ndan birbirine z\u0131t durumdad\u0131r (\u015fekil 8).<\/p>\n
\u0130ki polin\u00fckleotid zinciri birbirine ba\u011flayan H ba\u011flar\u0131 daima bir pirimidin baz\u0131 ile bir p\u00fcrin baz\u0131 aras\u0131nda meydana gelir. Baz e\u015fle\u015fmesi ad\u0131 verilen bu ba\u011flar\u0131n \u00f6zg\u00fcl bir bi\u00e7imde meydana gelmesi p\u00fcrin ve pirimidin bazlar\u0131n\u0131n yap\u0131lar\u0131ndaki baz\u0131 farklardan meydana gelir.<\/p>\n
Bunlardan birisi sterik k\u0131s\u0131tlama denilen olayd\u0131r. Yap\u0131lar\u0131ndan da anla\u015f\u0131laca\u011f\u0131 gibi p\u00fcrin ve pirimidin bazlar\u0131n\u0131n uzayda kaplad\u0131klar\u0131 yer farkl\u0131d\u0131r. Pirimidin bazlar\u0131 (C ve T) p\u00fcrin bazlar\u0131ndan (A ve G) daha k\u00fc\u00e7\u00fckt\u00fcr. Buna kar\u015f\u0131l\u0131k iki polin\u00fckleotid zincirin \u015feker \u2013 fosfat omurgas\u0131n\u0131n olu\u015fturdu\u011fu sarmal yap\u0131da e\u015fle\u015fme yapan baz \u00e7iftlerine ba\u011flanan glikozidik ba\u011flar aras\u0131ndaki uzakl\u0131k DNA molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn her yerinde 10.85 \u00c5 d\u00fcr. Bu mesafenin dolay\u0131s\u0131yla da DNA’n\u0131n stabilitesinin korunmas\u0131 i\u00e7in daima bir p\u00fcrin ile bir pirimidin baz\u0131n\u0131n e\u015fle\u015fmesi gerekmektedir.<\/p>\n
\u0130kinci bir sebep ise H ba\u011flar\u0131 olu\u015fumu gereksiniminin k\u0131s\u0131tlamas\u0131. P\u00fcrin ve pirimidin bazlar\u0131ndaki H atomlar\u0131 iyice belirlenmi\u015f pozisyonlarda bulunurlar. Bazlar aras\u0131nda s\u0131k\u0131 bir etkile\u015fim sa\u011flamak i\u00e7in, H ba\u011flar\u0131n\u0131n y\u00f6nelimleri ve uzakl\u0131klar\u0131 ancak adenin ile timin ve guanin ile sitozin aras\u0131nda olmaktad\u0131r. Buna g\u00f6re, p\u00fcrin ve pirimidinler ars\u0131ndaki baz e\u015fle\u015fmesi; daha da \u00f6zg\u00fcl olarak sadece adeninle timin ve guaninle sitozin aras\u0131nda meydana gelir. Bir DNA molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn a\u00e7\u0131k yap\u0131s\u0131 \u015fekil 9 da g\u00f6sterilmi\u015ftir.<\/p>\n
Yukar\u0131da a\u00e7\u0131klanan nedenlerden dolay\u0131 bir DNA sarmal\u0131n\u0131n \u00e7ap\u0131 yakla\u015f\u0131k 2 nm (20 \u00c5) olarak sabit kalm\u0131\u015ft\u0131r. DNA molek\u00fcl\u00fc sa\u011fa do\u011fru d\u00f6n\u00fcmler yaparken d\u00f6n\u00fcmler s\u0131ras\u0131nda zincirlerdeki bazlar\u0131 \u015feker halkalar\u0131na ba\u011flayan glikozidik ba\u011flar tam olarak kar\u015f\u0131 kar\u015f\u0131ya gelmezler. Bunun sonucu olarak, \u00e7ift sarmal\u0131n \u015feker fosfat omurgalar\u0131 eksen boyunca e\u015fit aral\u0131kl\u0131 yer kaplamazlar ve omurgalar aras\u0131nda olu\u015fan oluklar\u0131n boyutlar\u0131 e\u015fit de\u011fildir. Daha derin olana b\u00fcy\u00fck oluk, di\u011ferine ise k\u00fc\u00e7\u00fck oluk denir (\u015fekil 10).<\/p>\n
N\u00fckleotidlerin bazlar\u0131 molek\u00fcl\u00fcn omurgas\u0131n\u0131n i\u00e7 k\u0131sm\u0131nda bulunur. Bazlar\u0131n konumlar\u0131 sarmal\u0131n eksenine dik durumdad\u0131r. Birbirine kom\u015fu baz \u00e7iftlerinin d\u00f6n\u00fcmleri aras\u0131ndaki uzakl\u0131k 3.4 \u00c5 d\u00fcr. Ayr\u0131ca her baz \u00e7ifti kom\u015fusuna g\u00f6re 36\u00ba’lik a\u00e7\u0131 yapacak \u015fekilde yerle\u015fmi\u015ftir. Buna g\u00f6re, yakla\u015f\u0131k 10 baz \u00e7ifti 360\u00ba’lik tam bir d\u00f6n\u00fcm\u00fc tamamlayaca\u011f\u0131ndan, her d\u00f6n\u00fcm\u00fcn boyu 34 \u00c5 d\u00fcr (\u015fekil 10).<\/p>\n
DNA \u00e7ift sarmal\u0131n\u0131n genetik a\u00e7\u0131dan en \u00f6nemli \u00f6zelliklerinden birinin ortaya \u00e7\u0131kmas\u0131n\u0131 da baz e\u015fle\u015fmelerindeki \u00f6zg\u00fcll\u00fck sa\u011flar. Bu \u00f6zellik DNA molek\u00fcl\u00fcndeki iki polin\u00fckleotid zincirin birbirinin tamamlay\u0131c\u0131s\u0131 olmas\u0131d\u0131r. Bu kavram bazlar aras\u0131ndaki e\u015fle\u015fmenin daima A \u2013 T ve G \u2013 C aras\u0131nda olmas\u0131ndan kaynaklan\u0131r. A ile T’nin ve G ile C’nin birbirini tamamlamas\u0131 \u00f6zelli\u011fine g\u00f6re, bu \u00f6zg\u00fcl bazlar\u0131 kar\u015f\u0131l\u0131kl\u0131 olarak ta\u015f\u0131yan iki zincirin birbirinin tamamlay\u0131c\u0131s\u0131 oldu\u011fu kabul edilir. Buna g\u00f6re, bir zincirdeki baz dizisi di\u011ferindeki diziyi belirler.<\/p>\n
Tamamlay\u0131c\u0131l\u0131k \u00f6zelli\u011fi, genetik materyalin i\u015flevlerini do\u011fru bi\u00e7imde nas\u0131l yapabildi\u011finin a\u00e7\u0131klamas\u0131 a\u00e7\u0131s\u0131ndan DNA’n\u0131n en \u00f6nemli temel \u00f6zelliklerinden biridir.<\/p>\n
\u00c7ift sarmal\u0131n d\u0131\u015fta bulunan \u015feker \u2013 fosfat omurgas\u0131 y\u00fcksek derecede negatif y\u00fckl\u00fcd\u00fcr. \u0130n – vitro \u00e7\u00f6zeltilerde bu y\u00fckler metal iyonlar\u0131yla (\u00f6rne\u011fin Na ile) n\u00f6tr duruma getirilir. Fizyolojik ko\u015fullarda ise n\u00f6tr hale getirilme pozitif iyonlarla (katyonlar veya bazik Proteinlerle) yap\u0131lan etkile\u015fimler sonucu sa\u011flanmaktad\u0131r.<\/p>\n
DNA Yap\u0131s\u0131n\u0131n Biyolojik Anlam\u0131
\n H\u00fccrenin kal\u0131t\u0131m materyalinin iki ayr\u0131 g\u00f6revi olmal\u0131d\u0131r. Birincisi, bu materyal kendi kendine \u00e7o\u011falabilmeli; ikincisi, herhangi bir h\u00fccrenin yap\u0131s\u0131 veya g\u00f6revinde gereken i\u015fleri ba\u015farabilmelidir.<\/p>\n
DNA ipliklerinin birbirini tamamlay\u0131c\u0131 olmas\u0131 ve tamamlay\u0131c\u0131 bazlar aras\u0131nda \u00e7ok \u00f6zel ba\u011flar\u0131n bulunmas\u0131 aradaki hidrojen ba\u011flar\u0131n\u0131n kendili\u011finden meydana gelmesi, DNA’n\u0131n yaln\u0131z ba\u015f\u0131na kendine benzer yeni bir molek\u00fcl\u00fcn olu\u015fmas\u0131n\u0131 sa\u011flar. DNA molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn bir yar\u0131s\u0131, yeni olu\u015fan molek\u00fcl i\u00e7in bir kal\u0131p gibi rol oynar. Hidrojen ba\u011flar\u0131n\u0131n meydana geli\u015fi, bir enzimle katalize edilmeksizin, kendi kendine olan bir olayd\u0131r. \u00d6zel tamamlay\u0131c\u0131 bazlar\u0131n se\u00e7imi, bu y\u00fczden katalize edilmeye gereksinim g\u00f6stermez. Fakat n\u00fckleotidlerin fosfodiester ba\u011flarla ba\u011flanmas\u0131 bir kovalent reaksiyondur ve enzimatik katalizle ger\u00e7ekle\u015fir.<\/p>\n
DNA’n\u0131n ikinci biyolojik g\u00f6revi, protein sentezinde kullan\u0131lmak \u00fczere gerekli bilgiyi sa\u011flamaktad\u0131r. Bu bilgi naklinden DNA yap\u0131s\u0131ndaki bazlar sorumludur.<\/p>\n
DNA’n\u0131n Molek\u00fcler A\u011f\u0131rl\u0131\u011f\u0131
\n Bir DNA molek\u00fcl\u00fcn\u00fcn a\u011f\u0131rl\u0131\u011f\u0131 i\u00e7erdi\u011fi baz \u00e7ift say\u0131s\u0131yla do\u011fru orant\u0131l\u0131d\u0131r. N\u00fckleik asitler uzun ve dallanmam\u0131\u015f molek\u00fcllerdir. \u00c7aplar\u0131n\u0131n dar olmas\u0131na kar\u015f\u0131l\u0131k boylar\u0131 \u00e7ok uzundur. \u00d6rne\u011fin 3000 baz \u00e7ifti (3kb) ta\u015f\u0131yan bir DNA par\u00e7as\u0131n\u0131n boyu 1 \u00b5m dir. Bilindi\u011fi gibi DNA’n\u0131n \u00e7ap\u0131 2 nm dir.<\/p>\n
Organizmalar\u0131n yap\u0131s\u0131 karma\u015f\u0131kla\u015ft\u0131k\u00e7a i\u00e7erdikleri genetik materyalin kitlesi genellikle art\u0131\u015f g\u00f6sterir. Bunun temel nedeni, basitten geli\u015fmi\u015f canl\u0131lara do\u011fru gidildik\u00e7e gen say\u0131s\u0131n\u0131n artmas\u0131d\u0131r. \u00d6rne\u011fin, SV40 vir\u00fcs\u00fcn\u00fcn 5.2 x 103 baz \u00e7iftinden ibaret genomunda sadece 5 \u2013 10 gen bulunur. E. coli genomunda ise yakla\u015f\u0131k 4 x 106 baz \u00e7ifti vard\u0131r. E\u011fer E. coli’de bir genin ortalama 1000 baz \u00e7ifti i\u00e7erdi\u011fini var sayarsak, bu bakteride yakla\u015f\u0131k 4000 gen bulunmas\u0131 gerekir.<\/p>\n
DNA molek\u00fcllerinin molek\u00fcler a\u011f\u0131rl\u0131klar\u0131n\u0131 klasik kimyasal metodlarla tam olarak belirlemek olduk\u00e7a g\u00fc\u00e7t\u00fcr. DNA molek\u00fcllerinin a\u011f\u0131rl\u0131klar\u0131n\u0131n \u00f6l\u00e7\u00fclmesinde en \u00e7ok kullan\u0131lan y\u00f6ntemler \u015funlard\u0131r;<\/p>\n
viskozitenin \u00f6l\u00e7\u00fcm\u00fc
\n sedimantasyon oran\u0131
\n elektron mikroskobu ile
\n otoradyografi<\/p>\n
Genelde bu metodlar\u0131n iki veya daha fazlas\u0131n\u0131n bir kombinasyonu kullan\u0131labilir.
\n DNA molek\u00fcllerinin a\u011f\u0131rl\u0131klar\u0131 106 ile 109 dalton (1 dalton= 1.66 x 10-24 g d\u0131r.) de\u011fi\u015fir. Zaman zaman a\u011f\u0131rl\u0131klar 109 da ge\u00e7ebilir.
\n De\u011fi\u015fik t\u00fcrlere ait DNA molek\u00fclleri a\u011f\u0131rl\u0131klar\u0131 tablo 4 de verilmi\u015ftir.<\/p>\n
E. coli 2.2 x 109 1 mm 3 x 106
\n H. influenzae 8 x 108 300 \u00b5m 12 x 105
\n Bakteriyofaj T2-T4 1.3 x 108 50 \u00b5m 2 x 105
\n Bakteriyofaj \u03bb 33 x 106 13 \u00b5m 0.5 x 105
\n Bakteriyofaj \u00d8X174 1.6 x 106 0.6 \u00b5m –
\n Polioma vir\u00fcs\u00fc 3 x 106 1.1 \u00b5m 4.6 x 103
\n Fare mitokondrisi 9.5 x 106 5 \u00b5m 14 x 103<\/p>\n
DNA’n\u0131n Farkl\u0131 Bi\u00e7imleri
\n Watson ve Crick’in bulu\u015flar\u0131ndan sonra son y\u0131llarda, DNA ipliklerinin X \u0131\u015f\u0131n\u0131 k\u0131r\u0131lma \u00f6zelliklerini \u00e7al\u0131\u015f\u0131lmas\u0131yla, DNA’n\u0131n hi\u00e7 de\u011filse 3 yap\u0131sal \u015fekilde bulundu\u011fu g\u00f6sterilmektedir. Watson ve Crick’in yap\u0131sal \u00f6zelliklerini belirledi\u011fi DNA, bu g\u00fcn B \u2013 DNA diye isimlendirilir. Farkl\u0131 yap\u0131sal \u015fekildeki di\u011fer DNA’lar ise A ve Z DNA’lard\u0131r. Bu farkl\u0131 organizasyonlar, baz\u0131 \u00f6zel n\u00fckleotid s\u0131ralar\u0131n\u0131n \u00e7ift helikse devaml\u0131 bir b\u00fck\u00fclme verebilmesiyle ortaya \u00e7\u0131kar. B\u00f6ylece her bir DNA \u015fekli, hem \u00e7ift heliksin d\u0131\u015f\u0131ndan yaln\u0131zca bazlar\u0131n\u0131 e\u015fle\u015ftirerek ve hem de bazlar\u0131n iskeletin eksenine g\u00f6re pozisyonlar\u0131ndaki ayr\u0131nt\u0131lar\u0131n\u0131 belirleyerek ay\u0131rt edilir. Bu \u00fc\u00e7 tip DNA d\u0131\u015f\u0131nda da farkl\u0131 \u00f6zellikte DNA’lar vard\u0131r fakat bunlar \u00e7ok az miktarda bulunduklar\u0131ndan burada incelenmeyecektir.<\/p>\n
B \u2013 DNA
\n H\u00fccresel DNA’n\u0131n b\u00fcy\u00fck bir k\u0131sm\u0131 bu gruba dahildir. \u015eu ana kadar inceledi\u011fimiz DNA’da B \u2013 DNA’d\u0131r. K\u0131saca tekrar de\u011finmek gerekirse \u00e7ap\u0131 yakla\u015f\u0131k 2 nm olan bu DNA bi\u00e7iminin her d\u00f6n\u00fcm\u00fcnde yakla\u015f\u0131k 10 baz \u00e7ifti bulunur. Baz\u0131 kaynaklarca bunu 10.5 olabilece\u011fi de belirtilmi\u015ftir. Sa\u011fa d\u00f6n\u00fcmler yapan DNA’da baz \u00e7iftlerinin d\u00fczlemleri sarmal\u0131n eksenine dikeydir ve sarmal k\u00fc\u00e7\u00fck ve b\u00fcy\u00fck oluklara sahiptir. D\u00fc\u015f\u00fck iyon yo\u011funluklu \u00e7\u00f6zeltilerde ve nem derecesi \u00e7ok y\u00fcksek (%92) fibrillerde DNA B bi\u00e7iminde bulunur. Canl\u0131 h\u00fccrelerin fizyolojik ko\u015fullar\u0131na uyum g\u00f6sterecek DNA bi\u00e7imi de B \u2013 DNA’d\u0131r.<\/p>\n
A \u2013 DNA
\n Sa\u011fa d\u00f6n\u00fcml\u00fc ve her d\u00f6n\u00fcmde 11 baz \u00e7ifti bulunan DNA yap\u0131s\u0131d\u0131r. Baz \u00e7iftlerinin d\u00fczlemleri eksene g\u00f6re 20\u00ba’lik e\u011fimlidir ve kom\u015fu baz \u00e7iftleri aras\u0131ndaki uzakl\u0131k 2.7 \u00c5 d\u00fcr. Bu nedenle A \u2013 DNA molek\u00fclleri B yap\u0131s\u0131ndaki benzerlerinden daha k\u0131sa ve geni\u015f \u00e7apl\u0131d\u0131r (23\u00c5). K\u00fc\u00e7\u00fck oluklarda daha belirgin ve derindir. Sodyum, potasyum veya sezyum iyonlar\u0131 varl\u0131\u011f\u0131nda ve %75 nem i\u00e7eren fibrillerde DNA A bi\u00e7iminde bulunur, yani B \u2013 DNA’n\u0131n dehidratasyonuyla meydana gelir.<\/p>\n
H\u00fccrede A \u2013 DNA bi\u00e7iminde b\u00f6lgelerin bulunup bulunmad\u0131\u011f\u0131 ve e\u011fer bulunuyorsa i\u015flevi tam olarak bilinmemektedir. Bununla beraber, 2\u00b4 OH grubunun B bi\u00e7iminin olu\u015fmas\u0131n\u0131 engellemesi nedeniyle, RNA’n\u0131n \u00e7ift zincirli b\u00f6lgelerinin A bi\u00e7iminde olmas\u0131 gerekir.<\/p>\n
Z \u2013 DNA
\n Bu bi\u00e7imin en ay\u0131rt edici \u00f6zelli\u011fi d\u00f6n\u00fcm y\u00f6n\u00fcn\u00fcn sola do\u011fru olmas\u0131d\u0131r. Z \u2013 DNA d\u00f6n\u00fcm boyu 45.6 \u00c5 olan ve d\u00f6n\u00fcmlerinde en fazla 12 baz \u00e7ifti i\u00e7eren bir yap\u0131ya sahiptir; \u00e7ap\u0131 da di\u011ferlerine g\u00f6re daha dard\u0131r (18\u00c5). \u015eeker \u2013 fosfat omurgas\u0131 sarmal boyunca zikzak bir hareket yapt\u0131\u011f\u0131 i\u00e7in bu yap\u0131 Z \u2013 DNA olarak adland\u0131r\u0131l\u0131r. Z \u2013 DNA da sadece tek \u00e7e\u015fit oluk bulunur.<\/p>\n
P\u00fcrin ve pirimidinlerin d\u00fczenli olarak birbirini izledi\u011fi dizilere sahip DNA’larda, uygun iyon ko\u015fullar\u0131nda, Z bi\u00e7imi olduk\u00e7a kolay elde edilmektedir. Ayr\u0131ca tekrarlanan GC dizilerinin bulundu\u011fu b\u00f6lgelerde, \u00f6zellikle sitozinlerin C5 atomlar\u0131na metil grubu eklenmesiyle olu\u015fan 5 \u2013 metilsitozinler B \u2013 DNA’n\u0131n Z \u2013 DNA bi\u00e7imine d\u00f6n\u00fc\u015fmesine yol a\u00e7maktad\u0131r. Hatta, metillenme p\u00fcrin – pirimidin tekrar\u0131 olmaks\u0131z\u0131n da ayn\u0131 sonucu yaratmaktad\u0131r.<\/p>\n
Z bi\u00e7imi in – vitro baz\u0131 ola\u011fan d\u0131\u015f\u0131 ko\u015fullarda elde edilmektedir. \u00d6rne\u011fin y\u00fcksek tuz yo\u011funlu\u011fu kullan\u0131lmas\u0131 n\u00fckleotidler aras\u0131ndaki itme kuvvetini artt\u0131rmakta ve Z \u2013 DNA’n\u0131n dar \u00e7apl\u0131 yap\u0131s\u0131n\u0131 ayarlamaktad\u0131r. Z \u2013 DNA’n\u0131n h\u00fccre i\u00e7indeki oran\u0131 hen\u00fcz bilinmemektedir.<\/p>\n
Bu \u00fc\u00e7 tip DNA molek\u00fcl\u00fcne ait baz\u0131 \u00f6l\u00e7\u00fcm de\u011ferleri a\u015fa\u011f\u0131daki tabloda verilmi\u015ftir.<\/p>\n
DNA bi\u00e7imi Baz \u00e7ifti say\u0131s\u0131\/d\u00f6n\u00fcm D\u00f6n\u00fcm\/baz \u00e7ifti Baz \u00e7iftleri aras\u0131 uzakl\u0131k Sarmal \u00e7ap\u0131
\n B 10.4 +34.6\u00ba 3.38 \u00c5 20 \u00c5
\n A 11 +34.7\u00ba 2.56 \u00c5 23 \u00c5
\n Z 12 -30.0\u00ba 3.71 \u00c5 18 \u00c5<\/p>\n
Calladin Kurallar\u0131
\n Chris Calladin 1982’de yapt\u0131\u011f\u0131 deneysel \u00e7al\u0131\u015fmalar sonucunda DNA’n\u0131n yap\u0131s\u0131yla ilgili \u00e7e\u015fitli kurallar bulmu\u015ftur.Bu kurallar sonucunda Calladin bir DNA yap\u0131 modeli ortaya atm\u0131\u015ft\u0131r.Bu model tamamlanamam\u0131\u015ft\u0131r \u00e7\u00fcnk\u00fc elektrostatik ili\u015fkileri fakt\u00f6rleri ve hidrojen ba\u011flar\u0131n\u0131n hidrasyonunun fakt\u00f6rleri tam olarak bilinmez.<\/p>\n
B-DNA Sarmal ekseninin d\u00fcz olmas\u0131na gerek yoktur.Ancak 112 \u00c5’un yar\u0131\u00e7ap\u0131 ile k\u0131vr\u0131labilir.<\/p>\n
K\u0131vr\u0131lma a\u00e7\u0131s\u0131 p 36 der.’de de\u011fi\u015fme g\u00f6sterebilir. Fakat 28 der.’den 43 der. Kadar \u00e7e\u015fitlilik g\u00f6sterebilir.<\/p>\n
Pervane d\u00f6n\u00fc\u015f\u00fcn\u00fcn s\u0131n\u0131rlar\u0131 C-G \u00e7ifti i\u00e7in +11 der. Ve A-T \u00e7ifti i\u00e7in +17 der.’dir.<\/p>\n
Baz \u00e7iftleri \u00e7arp\u0131\u015fmalar\u0131 azaltarak uzun eksenleri boyunca d\u00f6nerler.<\/p>\n
\u015eeker k\u0131vr\u0131lmas\u0131 C3′-exo’dan O 4’endo ve C2’endo’ya kadar de\u011fi\u015fiklik g\u00f6sterir.<\/p>\n
Bazlar b\u00f6lgesel olarak kayarlar ve bu \u015fekilde \u00fcst \u00fcste \u00e7ak\u0131\u015f\u0131rlar. D(TCG) i\u00e7inde ki burada C-2 , G-3 ile sto\u011fu y\u00fckseltmek i\u00e7in sarmal ekseninin aras\u0131nda hareket eder.<\/p>\n
Ave B \u2013DNA’n\u0131n polimorflar\u0131 \u00e7ift ipli\u011fin yer yer a\u00e7\u0131lmalar\u0131 ile ve kristal yap\u0131daki yan \u00e7\u0131k\u0131\u015flar a\u00e7\u0131kl\u0131klar ve nanomerik par\u00e7alar halinde g\u00f6zlenir.<\/p>\n
DNA E\u011eR\u0130LMES\u0130 (bending
\n Ave B tipi birer sarmal aras\u0131ndaki birle\u015fme sonucu e\u011fri DNA ortaya \u00e7\u0131kar. Sarmal ekseninin i\u00e7inde 26 der.’lik bir e\u011frilme ile olu\u015fur.Birle\u015fmeler her 5 baz’da bir ve kar\u015f\u0131l\u0131kl\u0131 olu\u015fur. Bu e\u011frilme olay\u0131n\u0131n bir sonucudur ki bu DNA’n\u0131n s\u00fcrekli bir k\u0131vr\u0131lmaya sahip olmas\u0131n\u0131 sa\u011flar. Uyumsuz baz \u00e7ifti e\u015fle\u015fmeleri 2 \u015fekilde olur.<\/p>\n
1-Transition mismatch (ge\u00e7i\u015fle yanl\u0131\u015f e\u015fle\u015fme)
\n 2-Transversion mismatch (\u00e7aprazlama ile yanl\u0131\u015f e\u015fle\u015fme)<\/p>\n
A,B ve Z formlar\u0131nda G-T baz \u00e7iftlerinde g\u00f6zlenir.Tipik \u201cwobble\u201d\u00e7iftleri olu\u015fur. Bu \u00e7iftler anti-anti glikozilik ba\u011flara sahiptir.D(CGCGAATTAGCG)dodecamerin kristalleri bir (anti) G-A (syn) yanl\u0131\u015f e\u015fle\u015fmi\u015f baz \u00e7iftine sahiptir. Bu e\u015fle\u015fme 2H ba\u011f\u0131 ile olur. Diziye ba\u011f\u0131ml\u0131 de\u011fi\u015fiklikler,DNA’n\u0131n proteinlerce tan\u0131nmas\u0131n\u0131 sa\u011flayan \u00f6nemli bir fakt\u00f6rd\u00fcr. Buna g\u00f6re \u015f\u00f6yle bir sonuca var\u0131labilir. DNA yap\u0131sal olarak di\u011fer makromolek\u00fcllerle il\u015fki kuracak \u015fekilde evrim ge\u00e7irmi\u015ftir. Buna g\u00f6re serbest do\u011frusal DNA sarmal\u0131 biyolojik olarak en uygun yap\u0131d\u0131r.<\/p>\n
Kaym\u0131\u015f (Slipped) Yap\u0131lar
\n Do\u011frudan dizilerde olu\u015furlar ve \u00f6nemli d\u00fczenleyici b\u00f6lgelerin \u00fcst taraflar\u0131nda yer al\u0131rlar.Tan\u0131mlanan yap\u0131lar tek iplikli n\u00fckleazlar\u0131n \u201ccleaveage\u201ddokular\u0131 ile uyumlu olmakla beraber iyi bilinmemektedir.<\/p>\n
P\u00fcrin-pirimidin ekleri
\n Bunlar d\u00fc\u015f\u00fck s\u0131cakl\u0131klarda b\u00fcy\u00fck girintiler de , baz \u00e7iftle\u015fmesinde uzun aral\u0131kl\u0131 , dizilere ba\u011f\u0131ml\u0131 tekil baz kaymalar\u0131 ile al\u0131\u015f\u0131lm\u0131\u015f\u0131n d\u0131\u015f\u0131nda yap\u0131lar olu\u015fur.<\/p>\n
Anizomorfik DNA
\n Bu do\u011frudan tamirle al\u0131\u015f\u0131lmad\u0131k fiziksel ve kimyasal \u00f6zellikleri oldu\u011fu bilinen viral DNA’n\u0131n eklem b\u00f6lgelerindeki dizilerle ilgili DNA yap\u0131lar\u0131na verilen add\u0131r. \u0130ki birbirini tamamlay\u0131c\u0131 iplik de\u011fi\u015fik yap\u0131lara sahiptir. Bu negatif s\u00fcpercoillerde ortaya \u00e7\u0131kan k\u0131vr\u0131lmalar\u0131n gerilimi alt\u0131nda g\u00f6r\u00fclen, dizi merkezlerinde meydana gelen ard\u0131\u015f\u0131k yap\u0131sal k\u0131r\u0131klara yol a\u00e7ar.
\n S
\n a\u00e7 tokas\u0131 \u015feklindeki ilmekler(Hairpin loop)
\n Bunlar ters d\u00f6nm\u00fc\u015f tamamlay\u0131c\u0131 diziler sahip par\u00e7alar\u0131 olan tekil oligon\u00fckleotid iplikleri taraf\u0131ndan olu\u015fturulur.\u00d6rne\u011fin 16-merd (CGCGCGTTTTCGCGCG)hekzamer tekrar\u0131na sahiptir ve onun kristal yap\u0131s\u0131 4T’li ilme\u011fi olan hairpin ve bir Z DNA hekzamer g\u00f6vdesi g\u00f6sterir. B u ters d\u00f6nm\u00fc\u015f diziler DNA dupleksinde yer ald\u0131klar\u0131 zaman ha\u00e7 formunun olu\u015fumu i\u00e7in gerekli ko\u015fullar meydana gelmi\u015f demektir.<\/p>\n
Ha\u00e7 benzeri (cruciform)
\n Bu iplik i\u00e7i baz \u00e7iftle\u015fmesi i\u00e7eren bir yap\u0131d\u0131r. Tek bir a\u00e7\u0131lmam\u0131\u015f dupleks b\u00f6lgeden iki hairpin ilme\u011fi ile iki g\u00f6vde meydana getirirler. Tersine d\u00f6nm\u00fc\u015f dizi tekrarlar palindromlar olarak bilinir. Bunlar k\u0131sa bir aradan sonra ters y\u00f6ndeki ayn\u0131 dupleks dizinin takip ett\u011fi DNA dupleks dizilerine sahiptir. Bu durum decamer olamayan iki dizinin palindromlar\u0131n\u0131n yer ald\u0131\u011f\u0131 Pbr322 bakteriyal plazmidinin i\u00e7inde de g\u00f6zlenir. Her ne kadar ilmeklerde bazlar k\u0131smi olarak depolan\u0131yor olsada tek bir ha\u00e7 \u015feklindeki yap\u0131n\u0131n olu\u015fumunu enerji miktar\u0131 75 kjmol kapal\u0131 dairesel s\u00fcper helikal DNA’lar\u0131n kullan\u0131ld\u0131\u011f\u0131 bu yap\u0131n\u0131n deneylerinde , bu enerji negatif s\u00fcpercoillerin formundaki gerilme enerjisinin serbest b\u0131rak\u0131lmas\u0131 ile elde edilir.Bu da ha\u00e7\u0131n kollar\u0131n\u0131n uzunlu\u011fu ile do\u011frudan ili\u015fkilidir. 10,5b\u00e7’lik bi kolun olu\u015fumu s\u00fcpercoili bir d\u00f6n\u00fc\u015f kadar \u00e7\u00f6zer.<\/p>\n
Nadir G\u00f6r\u00fclen DNA Yap\u0131lar\u0131
\n 1980’den beri al\u0131\u015f\u0131lm\u0131\u015f\u0131n d\u0131\u015f\u0131nda DNA yap\u0131lar\u0131 oldu\u011fu bilinmekteydi. Baz\u0131lar\u0131 DNA’lar\u0131n s\u00fcper coillerine ba\u011fl\u0131d\u0131r.<\/p>\n
K\u0131vr\u0131k DNA
\n DNA duplexleri 150 baz \u00e7iftinden daha uzundur. Dairelerin kovalent kapan\u0131\u015f taraf\u0131ndan a\u00e7\u0131k DNA mini dairesini e\u011frili\u011fi diziye ba\u011fl\u0131d\u0131r. DNA’n\u0131n bu e\u011frili\u011fi tripanozomatitlerden al\u0131nan kinetoplast DNA’s\u0131 i\u00e7inde g\u00f6zlemlenmi\u015ftir. Bu a\u00e7\u0131k DNA mini dairelerinin kayna\u011f\u0131n\u0131 olu\u015fturur. Kinetoplast DNA’s\u0131 k\u0131sa A eklere sahiptir. Bunlar genel dizi taraf\u0131ndan 10 baz \u00e7ifti aral\u0131klarla yerle\u015ftirilmi\u015ftir. Herbir tekrar i\u00e7in 20-25 e\u011frilik i\u00e7erir.DNA e\u011frilmesi bu poli (DA eklerinin kal\u0131t\u0131msal \u00f6zelli\u011fi olup \u00e7ok say\u0131da oligon\u00fckleotitler i\u00e7inde g\u00f6zlenebilirler. Richard Dickerson poli (dA) ekleri do\u011frusald\u0131r. B form kristal yap\u0131da g\u00f6zlenmi\u015ftir. E\u011frilme ise sarmal\u0131n s\u0131n\u0131rlar\u0131 i\u00e7inde meydana gelir. Herbir yar\u0131m d\u00f6nme ba\u015f\u0131na bu do\u011frusal dA eklerinin tekrarl\u0131 de\u011fi\u015fimi k\u0131vr\u0131k DNA’y\u0131 olu\u015fturur. (\u015eekil 16)<\/p>\n
W-DNA
\n Sol y\u00f6nde d\u00f6nen \u00e7ift sarmal yap\u0131 i\u00e7in zikzak model \u00f6nerilerek olu\u015fturulmu\u015ftur. Daha az d\u00f6n\u00fcme sahiptir. Genel olarak B DNA’ya benzer bir glikozil geometrisi bak\u0131m\u0131ndan Z DNA’ya \u00e7ok benzer. Sitozin C endo \u015feker k\u0131vr\u0131mlar\u0131na sahiptir. W’de de Z DNA daki gibi minor girintiler ve major girintiler y\u00fczeyseldir. Z DNA W DNA’dan daha az enerjiye sahiptir<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Dna Yapisi DNA’n\u0131n monomerik bile\u015fenleri A, T, C, G bazlar\u0131n\u0131 i\u00e7eren d\u00f6rt tane deoksiribon\u00fckleotiddir. Bu 4 ana baz\u0131n d\u0131\u015f\u0131nda baz\u0131 DNA’larda de\u011fi\u015fikli\u011fe u\u011fram\u0131\u015f birka\u00e7 farkl\u0131 baz da bulunabilir. Bunlar; metillenmi\u015f bazlar, s\u00fclf\u00fcr i\u00e7eren bazlar ve anormal bir baz \u2013 \u015feker ba\u011f\u0131 olu\u015fturan bazlard\u0131r. Bunlar DNA’da kimyasal de\u011fi\u015fikli\u011fe neden olabilir. DNA’da metil grubunun eklenmesi en yo\u011fun …<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1407,1403],"tags":[6217,6216,6210,6209,6214,2374,6215,6213,2499,6212,2476,6211],"class_list":["post-2467","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-fen-ve-teknoloji-odevleri","category-odevler","tag-bakteriyofaj","tag-bazik-proteinler","tag-deoksiribonukleotid","tag-dna-yapisi","tag-hidroliziz","tag-kromatografi","tag-monofosfat","tag-pirimidin","tag-protein-sentezi","tag-purin","tag-sitozin","tag-urasil"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2467","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2467"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2467\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2467"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2467"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.islamidavet.com\/kutuphane\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2467"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}