Denitrifikasyon, nitrat bileşiğinin (NO3-) azot gazına (N2) ya da organik azot bileşiklerine indirgenmesi olayına verilen isim. Bu olay asimilatif ve disimilatif olarak bilinen iki farklı şekilde gerçekleştiriliyor.
Nitrifikasyonda işlev gören 2 ana enzim, “nitrat redüktaz” ve “nitrat redüktaz”. Asimilatif denitrifikasyonda işlev gören redüktaz enzimleri amonyak varlığında bastırılırken, disimilatif denitrifikasyonda işlev gören redüktazlar da oksijen varlığında bastırılıyor. Bu tam anlamıyla bir denatürasyon değil, ancak enzimler bu şartlar altında işlevini yerine getiremiyor.
Pseudomonadlar, zorunlu aerob değil, denitrifikasyon yapan bakterilerin tamamı gibi fakültatif aeroblar. Bunlar, ortamda bulunan oksijeni hızlı bir şekilde tüketerek, daha sonra anaerobik koşula geçiyorlar ve denitrifikasyondan sorumlu enzimler de oksijen ortamdan uzaklaştıktan sonra sentezleniyor. Bu olay da, söz konusu enzimleri kodlayan genlerin ortamda yalnızca oksijen olmadığında aktif hale geçmesiyle düzenleniyor.
