Genellikle boyanmış ve canlı hücrelerde çalışılma zorluğundan tercih sebebi olmaktadırlar.Görünen ışığın şeffaf objeden geçişinde,hücre içindeki yapıların ışığı kırma indisleri farkından yararlan ve farklı yapıları ayırt etme prensibinde çalışır.Işık dalagaları canlı hücreyi katederken bir organelle karşılaşır ve yansır.Bunun sonucunda ışık dalgaları hücrelerden ayrı fazlarda veya ayrı zamanlarda çıkarlar.Hava ile temas eden bir ışık dalgası göze gelen görüntüdeki hücre kısımları farklı olarak ayırt edilebilir.Objektif ve kondansör mercekleri amplitüd farklarını orataya koyan optik yüzeyler bulundurduklarından parlaklıkları indirgenir,ışık dalgası örneği katederken bütün noktalarda olan farklılıkları çıkartır ve obje ışık mikroskobunda görülemezken ,burada sağlanmış olan kontrastlık sayesinde detaylı incelenebilir.Canlı metaryal,hücre sitoplazması bu mikroskop ile iyi gösterilmektedir.
