İkinci Filistin intifadası bundan 12 yıl önce, 28 Eylül 2000 günü dönemin Siyonist Başbakanı Ariel Şaron’un 3000 Siyonist asker ve polisin eşliğinde Müslümanların duygularını hiçe sayarak Mescidi Aksa’yı kirletmesiyle başladı.
Cani ve katil Ariel Şaron’un Müslümanların duygularını hiçe sayarak işgal polisiyle işgal askerinin himayesinde Mescidi Aksa’ya girip namaz kılan müslümanları tahrik etmesi sonucu Mescidi Aksa’da namaz kılan cemaatin karşı koyması ve işgalcileri durdurmaya başlamasıyla başlayan çatışmada işgal askeri ve polisi sivil ve savunmasız cemaati ellerindeki otomatik silahlarla taradı. Katil Şaron’un liderliğinde yapılan bu katliamda 13 Filistinli şehit oldu ve onlarcası da yaralandı.
Mescidi Aksa’da meydana gelen kanlı çatışmalar üzerine Filistin gençleri işgal altındaki Kudüs, Batı Yaka ve Gazze’de meydanlara indi. Önce taş ve molotofla başlayan indifada zamanla askeri çatışmalara dönüştü.
İntifada süresince binlerce Filistinli şehit oldu, yaralandı veya tutuklandı. İşgal ordusu defalarca Gazze ve Batı Yaka’ya girip büyük tahribatlar yaptı.
Bu dönemin en önemli gelişmesi, direnişin yeni bir aşamaya gelmesi ve Gazze’de mahalli imkânlarla yapılan Kassam isimli füzenin Kassam Tugayları tarafından imal edilmesidir. Sadece Kassam Tugayları tarafından değil diğer gruplar tarafından da atılan bu füzeler bölgede korku dengesinin oluşmasına neden oldu. Bu dönemin diğer bir özelliği ise işgal rejimindeki güvenlik teorisini yerle bir eden askeri operasyonlarla istişhad eylemleridir.
Direniş güçlerinin işgal ordusuna güçlü bir direniş göstermesi ve askeri operasyonlarda bulunması sonucu işgal ordusu büyük kayıplar verdi. Bu dönemde direniş güçleri tarafından yapılan operasyonlarda 1096 Siyonist ölürken, 4500 Siyonist de yaralandı. Yine bu süre içinde dünyada en sağlam ve korunaklı tank olarak bilinen Siyonistlerin Mirkevan tanklarından 50 tanesi, onlarca askeri ciple zırhlı araç da direniş güçleri tarafından imha edildi.
İntifada nedeniyle işgal yönetiminde güvenlik ve huzur son bulduğu gibi, tersine göç başladı, turizm dibe vurdu ve boykot nedeniyle yerleşkelerdeki Siyonistlerin ekonomisi büyük bir darbe yedi.
Mübarek intifanın sonlarına doğru yenilmez görülen işgal ordusu 2005 tarihinde Gazze’den çıkmak zorunda kaldı.
